这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。...

鸣人接下纲手下达的任务，和小樱一起追踪拔忍蜈蚣。他们追着蜈蚣来到了沙漠中的废墟“楼兰”，而蜈蚣的目标正是沉眠于楼兰地底的龙脉。龙脉拥有巨大的能量，蜈蚣将龙脉解封，能量的漩涡把进入废墟探查的鸣人吸了进去。鸣人从昏迷中醒来，...

云、岩、雾、沙、火五大国的忍者实力彼此均衡，由此保持着和平。不料，最近有四大国发生神秘事件，拥有“血继界限”之力的顶尖忍者接踵失踪。唯一没有出事的火国成了众国猜忌的对象。在重重疑云之中，各国准备开战，眼看第四次忍界大战就...