影片开始首先回顾了一遍艾克斯奥特曼TV版的剧情，然后场景转换，在宇宙的某处，配合梵顿星人格尔曼对奥特曼传说的叙述，初代奥特曼与巴尔坦星人的大战，奥特曼与大量巴尔坦分身大战，最后以斯派修姆光线扫射消灭巴尔坦星人。...

霧の総旗艦・ヤマトを目指していたイ401の艦長・千早群像は、父、翔像の生存を知ると、父との再会という新たな目的を抱き北極海へと向かう。一方、メンタルモデルとして成長してきたイオナは、自らの出自を告げられたことでその過去に...