被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。他们为了生存制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船希德尼娅，并在宇宙中进行旅行。经过了1000年后，时值希德尼娅出航纪元1009年，由地下层部培育的少...

2032年的日本，人脑可以随时进入网络进行数字通讯，人类的身体也可以被高度机械化，政府直属机关公安9科专门负责处理与此相关特殊犯罪事件。某日，突然发生一起少女型玩偶机器人杀害其所有人的事件。为人类而制作的机器人因何会袭击...

2029年，电脑犯罪猖獗。公安九科的草薙素子少校和她的部下们遇到了一个棘手的罪犯——纵横网络的天才黑客“人形使”。除大脑之外全部机械化的素子成了“人形使”的猎物，诞生于网络之海的“人形使”认为自己是不同于人类的新生生命...