日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉...

某日，小五郎接收到一个神秘的爆炸预告电话。与少年侦探团一起观看足球赛的柯南，为了阻止爆炸事件的发生，因此对谜题发出挑战并揭开谜底……...